Areál bývalého Sdružení projektových ateliérů a později sídlo Výstavby hl. m. Prahy a jejího Projektového ústavu se nachází v zahradách Emauzského opatství. V kontrastu s historickou novogotickou architekturou tak stojí tři modernistické kostky, levitující nad zeleným parkem. Dnes zde sídlí Institut plánování a rozvoje hl. m. Prahy – budovy tak slouží stejnému účelu, ke kterému byly navrženy. Areál se skládá ze tří pavilonů a přízemní budovy, ve které najdeme výstavní sál pro původně zamýšlené Baucentrum, dnes prostor Centra architektury a městského plánování (CAMPu). Všechny tři zmíněné pavilony fungují stejném na principu. Ocelová konstrukce podnože s komunikačními jádry pomáhá roznést váhu vykonzolovaných částí s kancelářemi a lehkou zavěšenou fasádou. Právě díky konzolím dosahujícím až šesti metrů se budově přezdívá Pragerovy kostky. Původně měl mít areál pět částí, k realizaci navazující etapy však nikdy nedošlo. Místo mohutné nárožní budovy do Karlova náměstí zde tak stojí původní činžovní domy.

Původně Karel Prager na Karlově projektoval rozsáhlý areál nemocnice, který by doplnil skvostnou budovu Zemské porodnice v Apolinářské ulici. Centrem areálu měla být dvojice rozsáhlých modulárních pavilonů, ovšem k výstavbě nikdy nedošlo. Projekt byl roku 1989 ukončen a jediné, co se postavilo, byla kotelna nutná pro provoz stávajících budov. Stavba z devadesátých letech vyniká na první pohled komínem tvaru jehlanu trčícím ze střechy a ocelovými nosníky, které jej spojují se zemí. Výrazná nosná konstrukce je nabarvená na červeno a doplněna trojúhelníkovými okny. Plášť budovy tvoří keramický obklad. Jižní a východní část střechy je prosklená a celá budova sedí na půdorysu 26 x 26 m.

Sídlo bývalého Federálního shromáždění nebo také Nová budova Národního muzea, to je dům nad domem v podobě Pragerovy přístavby na horní straně Václavského náměstí. Vznikl pro potřeby tehdejšího parlamentu, který byl po přesídlení z Rudolfina provizorně umístěn do budovy bývalé obchodní burzy. Ta ovšem technicky ani prostorově nestačila a tak ji bylo nutné rozšířit do doby, než vznikne nové reprezentativní sídlo na Letné, které se však nikdy nepostavilo. Vypsanou soutěž, v jejíž podmínkách bylo zachování chráněné budovy burzy, vyhrál návrh trojice Prager–Albrecht–Kadeřábek, který porotu překvapil svým netradičním pojetím. Nad historickou budovou pomyslně levituje čtveřice příhradových nosníků jako základní kostra nové stavby, která původní budovu obklopuje ze tří stran a zároveň se nad ní ladně vznáší. Od roku 2009 stavba spadá pod Národní muzeum a s historickou budovou muzea je propojena podzemním tunelem.

Nová scéna Národního divadla zaplnila proluku vzniklou po demolici Chourových domů, jež byly v 50. letech 20. století v dezolátním stavu. V prvním projektu Bohuslava Fuchse, který však brzy po jeho dokončení zemřel, a návrh převzal Pavel Kupka, měl na tomto místě vzniknout kulturní palác sloužící městu. Když ale Praha dostala do užívání Palác kultury na Vyšehradě, ze záměru sešlo. Mezitím se však už v proluce začalo stavět a projekt musel být za chodu kompletně přepracován pro potřeby Národního divadla. Karel Prager byl jediný, kdo dokázal velkolepou výzvu přijmout se všemi podmínkami, včetně zprovoznění Nové scény v omezeném čase – na den 100. výročí znovuotevření Národního divadla. Původní ocelovou konstrukci z návrhu Bohuslava Fuchse Prager doplnil a systémově modifikoval tak, aby dal vzniknout divadelnímu sálu. Interiér i exteriér jsou pojaté velmi umělecky a z budovy je jedna velká architektonická plastika. Plášť tvoří ručně foukané skleněné tabule podle návrhu Stanislava Libenského a Jaroslavy Brychtové. Ačkoliv se to nemusí zdát, bylo nutné navrhnout a vyrobit přes 120 různých modifikací sklářských forem.

Karel Prager nebyl pouhým architektem a stavitelem, ale také velkým vizionářem. Pro Prahu 5 vymyslel koncepci slibující lepší kvalitu života místních obyvatel za pomoci radikálních změn v ulici Štefánikova. Místo zóny pro pěší či rozsáhlé asanace zde nakonec byla postavena pouze osmiboká jehlanovitá stavba a dva obytné domy. První zmíněná – objekt Komerční Banky, stojí na křižovatce od roku 1992. Vizuálně souzní se sousedním obytným komplexem a pro její tvar je budově někdy přezdíváno bunkr, což vystihuje i Pragerův záměr, který si dům představoval jako velký bankovní sejf. Za povšimnutí stojí keramický obklad a pravidelné rozložení oken po každé z osmi stran. Ta jsou rozvržena do dvou pater a chráněna skleněnou stěnou. Budova KB dodnes vzbuzuje rozporuplné emoce. I to svědčí o Pragerově nekonvenčnímu přístupu k architektuře.